Während der französischen Herrschaft (1794-1816) wird die Burg beschlagnahmt und zum Nationalgut erklärt. 1803 wird sie versteigert und kommt in private Hände. Während die Oberburg zur Gewinnung von Baumaterial als Steinbruch dient und bis auf das Kellergewölbe niedergelegt wird, werden in der Unterburg Wohnungen, Stallungen und Scheunen eingerichtet.


Mit dem Zuzug preußischer Beamter seit 1817 bildet sich 1821 eine selbstständige Evangelische Gemeinde in Mayen. 1822 mieten sie den Heuboden im Obergeschoss des Marstallgebäudes an und richten hier einen Betsaal ein. Eine Glocke wird aufgehängt und auf dem First des Daches ein Kreuz als Zeichen der sakralen Nutzung errichtet. Bis zum Neubau der Kirche in der Bäckerstraße 1838 bleibt der Marstall evangelisches Gemeindezentrum.